Ambon-stad is met afstand het belangrijkste knooppunt van de provincie en vervult een belangrijke rol voor geheel Oost-Indonesië. Aan de overkant van de Baai van Ambon (Teluk Ambon) ligt het Pattimura vliegveld met lijnvluchten naar onder andere Makassar, Jakarta, Soerabaja, Bali, Ternate en Papoea. Daarnaast doen een aantal Pelni Ferries de stad aan. Het openbaar vervoer op het eiland zelf bestaat uit de Angkotan Kota, kleine busjes die vanaf de Mardika Terminal nabij het centrum van de stad vele bestemmingen op het eiland bedienen.
De stad heeft weinig toeristische trekpleisters en mede door het gewelddadige conflict van een aantal jaar geleden komen er nauwelijks toeristen. Hoewel de stad zelf weinig te bieden heeft voor de gemiddelde toerist, is haar ligging aan het water en met de rug tegen de heuvels, erg mooi.
Ambon-stad heeft een grote aantrekkingskracht op jongeren van de omliggende dorpen en eilanden, waardoor de bevolking zeer jong is. Zij komen vooral om werk te zoeken. De belangrijkste werkgever in Ambon-stad is de overheid en een baan als ambtenaar is zeer gewild aangezien het zekerheid, status en voordelen (zoals het kunnen helpen van familieleden) verschaft. Maar voor Molukkers die al langere tijd in Ambon-stad wonen of er geboren zijn, blijft het dorp van herkomst (van de familie) zeer belangrijk voor de identiteit. Bij belangrijke dorpsgebeurtenissen of op feestdagen keren dan ook veel Ambonezen terug naar het dorp van hun familie.